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如果您在苹果手机上设置了短信保存永久，但仍然无法删除某些短信，可能是因为存在以下几种情况。
1、短信中有附件或特殊格式：有时，短信中包含图片、视频或其他附件，或者采用了特殊格式（如 iMessage 特效等），这些短信可能无法直接删除，您可以尝试单独打开这些短信，然后尝试删除它们。
2、短信同步问题：如果您的 iPhone 与其他设备（如 Mac、iPad 或 iPod Touch）使用相同的 iCloud 账户，并且启用了信息同步功能，那么在某些情况下，删除一条短信可能会导致它在其他设备上重新出现，您可以检查其他设备上的短信应用，看看是否存在您想要删除的短信。
3、系统缓存问题：系统缓存可能会导致一些操作无法执行，您可以尝试重启设备，然后再次尝试删除短信，如果仍然无法删除，您可以尝试清理应用缓存或重置设备。
如果以上方法都无法解决问题，您可以尝试使用 iTunes 或 iCloud 备份恢复设备，然后手动删除不需要的短信，在恢复备份之前，请确保备份不包含您不希望保留的数据，如果您使用的是第三方短信应用而不是内置的“信息”应用，请确保遵循该应用的删除规则和操作指南。
如果您无法删除短信，请尝试上述方法并检查您的设备设置和同步选项，如果问题仍然存在，请联系苹果官方客服寻求帮助。